明永乐十九年,迁都北京,大明帝国从此真正形成了南北两都。作为太学的国子监也由此形成了南北两监,也称南北雍,并一直与整个大明王朝的命运相始终。
清兵南下,南京国子监学生纷纷逃散。大约过了七八年以后的清九年(1652),清政府对旧明的南京国子监进行重新“定制”,将其降格为江宁府学。但由于明清易鼎的战火,原本的明朝南京国子监校舍部分受损。顺康之际,总督马国柱、于成龙等地方大员对其进行了修缮,尤其是大清官于成龙在江宁府学(即原本的明朝南京国子监)之前修了四座碑亭,使得该学宫增色不少,这四座碑亭在当时引起了世人很大的关注,从此以后人们就把那个地方叫做“四牌楼”。就在它的边上也就是碑亭所在的地方,人们就将其呼为“碑亭巷”。

