道教与士大夫阶层日益脱离后，越来越得不到统治者的赏识，入清之后，清初的皇帝虽然对道教按照明代的成例加以保护，但是，不像以往王朝那样重视，康熙 皇帝曾有一个基本的认识： 道法自然，为天地根，老氏之学，能养其根。流而成弊，刑名放荡。长生久视，语益惝恍。况神仙之杳渺，气历劫而难聚，纵日兮飞 升，于世道乎奚补？慨秦汉之往事，求方药而何愚，用清净而获效。宁化美于皇初，养身寿人，儒者有道，保合太和，何取黄老？ 基于如此的认识，清王朝对于道 教的衰败之势任其发展，只将其作为生活中的一种消闲与点缀， 颓波日下岂能回，二氏于今自可衰；何必辟邪犹泥古，留资画景和诗林 。
总之，道教随着领导集团地位的日渐衰落，与政治结合的日益不密切，其活动形式与活动范围越来越民间化，以各种宗教掺合为特点的民间秘密宗教，虽然派别繁多，但是在思想与组织上与道教存在千丝万缕的关系。从某种意义上讲，这些秘密宗教也可以算为变相的道教。
1911年辛亥革命推翻了清王朝，龙虎山正一道的真人封号被取消，道教为了适应社会的变化，曾仿效西方的教会组织，企图建立全国性的道教教会组织。 1912年在北京和上海分别成立了两个全国性的道教教会，北京的 中央道教总会 、上海的 中华民国道教总会 。前者的发起人和领导人是各地全真道观的住 持，因此它还只能说是全真道的全国性组织，后者是以江西龙虎山天师府为本部，以上海为总机关部，它充其量只是正一道的全国组织，不过是龙虎山企图重建权威 的一种行动。实际上，由于缺乏经济实力与官方的扶植，它们要想成立自下而上的组织体系有着极大的难度，因而，当时的许多道教组织只是区域活动，各自为政， 散沙一盘，道教复兴计划常常化为乌有。
民国时期的道教，是清以来道教衰落的进一步延续，在新的思想文化的冲击下，道教的再生能力，教理、教义的更新能力捉襟见肘。