黄宗羲的史学理论，主张治史要有鲜明的立场和观点，他的史学观，一是强调 经世应务 ，二是严夷夏之辨，三是扬善惩恶、扶正祛邪，前二者，我们在上文 已有叙述，这里对第三点略作补充，黄宗羲认为，研究历史，编写史书，必须善恶分明，扬善惩恶，对于那些弑君犯上、害国害民的 乱臣贼子 ，应当明明白白、 原原本本地将他们的恶行写在史书上，所以 孔子成《春秋》而乱臣贼子惧 ，是最好的 为史 范例，他说： 为史而使乱臣贼子得志于天下，其不如无史之为愈 也。 但有些人却又拿 死后入地狱 的宗教报应理论对付那些大奸大恶，设计出地狱里种种阴森恐怖的刑罚，以为这样可以阻止邪恶，黄宗羲批驳了这类 画蛇添 足 之说，指出 地狱 之说，儒家传统是不讲的，大奸大恶也非地狱刑惧所能吓阻，他说：
地狱为佛氏之私言，非大道之通论也，然则大奸 大恶，将何所惩创乎？曰：苟其人之行事，载之于史，传之于后，使千载而下，人人欲加刃其颈，贱之为禽兽，是亦足矣，孟氏所谓 乱臣贼子惧 ，不须以地狱蛇 足于其后也，在黄宗羲看来，为史者只要秉笔直书，将大奸大恶的劣迹恶行载之于史，传之于后，使后世唾弃谴责，就是对 乱臣贼子 最有力的惩罚了。
从扬善惩恶的原则出发，他对各种史书体例的功能一一作了界定，如认为 列传 必须 善善恶恶 ， 言行录 虽然 善善之意长 ，但必须记载那些品行高 洁、一言一行可奉为后世楷模的人（《明名臣言行录序》）；认为 地方志 虽与正史有所不同，但也须寓褒贬于其间，指出： 志与史例，其不同者，史者美恶俱 载，以示褒贬，志则存美而去恶，有褒而无贬，然其所去，是亦贬之之例也。 （《再辞张郡候修志书》）认为碑铭也属史类，应寓褒贬于其间，他说： 夫铭者， 史之类也，史有褒贬，铭则应其子孙之请，不主褒贬，而其人行应铭法则铭之，其人行不应铭法则不铭；是亦褒贬寓于其间。 （《与李杲堂陈介眉书》）总之，无 论何种形式，都应当寓褒贬于史学著作，难能可贵的是，黄宗羲还主张为妇女写墓志铭时，应当 一往深情 ，从细小事情中见其崇高精神，因为 古今来事无巨 细，唯此可歌可泣之精神，长留天壤 （《张节母叶孺人墓志铭》），黄宗羲的史、志、碑文，都是寓以褒贬，深情歌颂那可歌可泣的精神的。