持明院统(北朝)是指镰仓时代后期以至于 日本 南北朝 时代的后深草天皇系统，主要是第89代后深草天皇的子孙一系。今 日本 皇室来自于此系统。

　　后嵯峨天皇禅位予其子后深草天皇，又反悔，逼退了后深草天皇，立了另外一位爱子亀山天皇，后深草天皇子孙称为持明院统，亀山天皇后裔称为大觉寺统，在镰仓幕府的调停下，大觉寺统与持明院统决定以更替方式轮流即位，即两统迭立。也导致 日本 南北朝 。

　　北朝后小松天皇时，足利义满迫使南朝后亀山天皇退位且交出三神器，使 南北朝 复归统一，按照原本两统迭立的原则，继任者必须是大觉寺统的子孙，但后小松天皇违约，由自己的儿子实仁亲王即位为称光天皇，并宣布两统迭立结束。

　　持明院统天皇

　　后深草天皇(89代)

　　伏见天皇(92代)

　　后伏见天皇(93代)

　　花园天皇(95代)

　　光严天皇(北朝1代)

　　光明天皇(北朝2代)

　　崇光天皇(北朝3代)

　　后光严天皇(北朝4代)

　　后圆融天皇(北朝5代)

　　后小松天皇(北朝6代・100代)

　　称光天皇(101代)