隋文帝除了成就之外，还有许多缺点，如喜怒无常，疑心重，容易被谗言所惑。他经常命令左右窥视他的臣下，如果他疏忽，他将加重他的罪行。这是文帝的缺点，也是对他子孙的伤害。

最典型的怀疑忠臣的例子是高炯。隋文帝的妻子杜谷时是北周大臣杜的女儿，而高炯的父亲是杜的部下，杜也姓独孤。因此，隋文帝与高炯的关系也非同一般。隋文帝建立隋朝后，高拱做出了巨大贡献。隋文帝即位后，高炯被任命为《尚书》的左仆从和最重要的大臣之一。

隋文帝非常信任高炯，甚至视他为自己的镜子，说他可以改正错误。如果有人诽谤高炯，隋文帝绝不会相信，而是惩罚原告。高炯的官职不能再封了，这说明了高炯在隋文帝心目中的重要性。然而，在未来，在建立王子的问题上，两人发生了冲突。

当时隋文帝对不满，打算善于伪装，赢得的信任，得到他和独孤皇后的信任。然而，高炯并不知道隋文帝的意图，强烈反对废太子。隋文帝认为高拱是为了私利而与他作对，因为高拱的女儿是杨勇的妻子。如果杨勇将来即位，高炯作为岳父，地位很高，可以效法他，取代隋朝成为皇帝。由于隋文帝通过外戚的身份攫取财富，他对高炯的地位极为敏感，但高炯并没有猜到隋文帝的想法。

隋文帝在处理另一个大臣王士奇时牵连到了高炯，但只是回避了他的官职，把他变成了一个平民，并没有杀死他。

隋文帝晚年的猜疑有时显得可笑。为了禁止官员受贿，他派人试图贿赂官员。如果有人胆敢接受它，他们将被立即处死。

有一次，当一个武官的衣服和剑不整齐，隋文帝说这是对他的不尊重。他没有惩罚武官的罪行，但表示该建议没有履行其职责，因为该建议专门用于监督官员。因此，隋文帝处死了这个建议，医生站起来阻止隋文帝，但他也自杀了。

隋文帝前后的立法有其优点，也有其缺点。隋文帝晚年也使用法外酷刑，即杖刑，并经常在法庭上保留一根棍子。后来，在高炯的劝说下，隋文帝一度废除了杖刑，但当他打人的时候，他觉得鞭子抽得太弱，于是又恢复了杖刑。

在中国古代社会，死刑通常在秋天执行，这意味着服从上帝的意志，也就是说，秋天树叶会落下，空气会变冷。春天，万物复苏生长，禁止捕猎动物和毁坏小树。一般来说，春夏季是有益的，秋冬季是有害的。隋文帝晚年打破了这一传统习惯，在夏天杀人，遭到大臣们的反对。他认为上帝在夏天有雷电，这也是上帝的愤怒。

隋文帝非常迷信。他不仅信奉佛教和道教，还信奉阴阳五行、鬼神、傅锐、地神、山神和龙王。北周武帝灭佛，隋文帝却在此时恢复了佛，并命令人民自愿出家。隋文帝到处建佛寺，这就是佛教在隋唐时期兴盛的原因。

隋文帝的教育水平不高，认为文化无用，学校无用。公元601年，隋文帝废除了郡县所有的学校，只留下中央皇家学院供官员和贵族学习。